สาเหตุของโรคสำไส้แปรปรวนยังไม่ทราบอย่างแน่ชัด แต่มีปัจจัยที่อาจมีผลต่อการเกิดโรคได้แก่
- ปัจจัยทางจิต: ความเครียด ความวิตกกังวล หรือภาวะซึมเศร้าอาจมีผลต่อการเป็นโรคสำไส้แปรปรวน
- ปัจจัยทางพันธุกรรม: มีการพบว่าโรคสำไส้แปรปรวนมักจะมีการถ่ายทอดมาจากคนในครอบครัวที่มีประวัติเครียดหรือมีภาวะสุขภาพที่แปรปรวนในระบบย่อยอาหาร
อาหารและการเข้ารับประทานอาหาร: บางประเทศได้พบว่าการบริโภคอาหารที่มีไขมันสูง หรืออาหารที่มีใยอาหารน้อยอาจมีผลต่อการเป็นโรคสำไส้แปรปรวน
